TS16949标准与QS9000标准的不同点主要有以下几点：
一、因为QS9000是以ISO9000 94版为基础，而16949是以ISO9000 2000版为基础，因 此，16949需要转向“过程模式”理念和PDCA技术，这要求在方法上和文件形式上有一个极大的转变。审核方法上也由原来的部门/要素转化为“过程”导向。
二、大量和广泛新增的变化的内容表明从以质量保证体系为基础的QS9000转到能取得TS16949：2002注册的质量管理体系有大量的工作要做。与QS9000在细节上大约有80处的不同。比如：对内审的要求得到极大的加强，强制要求进行制造过程审核要使用特定的检查清单并对内审核员资格提出了要求。
三、IATF要求，必须有最少12个月“运行业绩记录”和内部审核和对前12个月管理评审的策划和结果的记录。
四、必须有一个有资格的内审员清单和一个顾客/特定顾客要求的清单。第五，必须有顾客投诉管理的证据。
五、认证受理
执行国家认可委对认证机构的认可规则，与ISO9000及QS9000的认证申请程序一样。
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